微波消解儀在微波加熱作用下，破壞樣品中目標組分的初始形態，而使其以無機離子高或較高價態的形式釋放出來。微波加熱與傳統的加熱方式不同，它不是通過熱傳導由表及里的“外加熱”而是“內加熱”，即樣品和試劑在微波產生交變磁場作用下，產生介質的分子極化，極性分子隨磁場變化交替排列，導致分子高速震蕩，使物質分子劇烈振動和碰撞，致使溫度迅速升高，在劇烈的碰撞攪拌作用下，促使消解酸與樣品的接觸，從而使樣品迅速被分解，另外微波消解儀內產生的高壓提高了消解酸的沸點，能夠使樣品在高沸點下進行消解，大大縮短消解時間。