1、硝酸：微波消解儀所用的硝酸是一種強氧化劑，能氧化侵蝕金屬和有機物質，使之成為可溶性的硝酸鹽，能夠溶解大多數的硫化物，通常與雙氧水同時使用，使消解全，主要用于有機樣品如：脂肪、飲料、蛋白質、顏料和聚合物，也應用于金屬氧化物和土壤等。

  2、硫酸：硫酸是許多物質的有效溶劑，可破壞幾乎所有的有機化合物，進行快速脫水炭化，熱的硫酸可用于有機組織。氫氧化物、金屬和礦石，但須嚴格監控其溫度，因為其沸點超過許多微波消解儀內罐的限制溫度，多數情況下作為一種輔助酸。

  3、氫氟酸：適用于在微波消解儀中消解含硅的樣品，它將硅酸鹽轉變為四氟化硅從樣品中分離出來，與硝酸一起可氧化鈦、鎢、鈮、鋯等。